Margarethe Rammerstorfer promovierte im wirtschaftswissenschaftlichen Bereich mit Schwerpunkt Regulierung und Finanzierung im Jahr 2006 an der WU. Bis 2007 arbeitete sie am wissenschaftlichen Institut für Infrastruktur und Kommunikationsdienste in Bad Honnef, Deutschland. Mit dem Wunsch wieder in der Grundlagenforschung einer Universität tätig zu sein und Forschung und Lehre zu kombinieren, kehrte Margarethe Rammerstorfer im Jahr 2007 als Postdoc an die WU im Bereich Betriebliche Finanzierung zurück. Berufen als Associate Professor für Finanzierung und Leiterin des Departments International Management wechselte sie 2013 an die Modul University Vienna. Ende 2016 erhielt sie einen Ruf an die Wirtschaftsuniversität Wien, hier fungierte Margarethe Rammerstorfer als Programmdirektor für das Masterstudium “Finanzwirtschaft und Rechnungswesen”.  Mit ersten Oktober 2019 wechselte sie in das Rektorat als Vizerektorin für Lehre.